Sbucciate le cipolle, tagliatele a quarti e poi a spicchi sottili; fateli dorare, a fiamma bassa, in una padella con il burro per 5 minuti circa. Unite una presa di sale, il latte tiepido, coprite e cuocete a fiamma bassa per 20 minuti circa, mescolando; cospargete con un pizzico di paprica e con il prezzemolo e il timo tritato fini; togliete dal fuoco e tenete da parte. Nel frattempo, fate cuocere la pasta in una pentola con abbondante acqua bollente salata e scolatela al dente. Mettete la pasta nella padella con le cipolle e unite i formaggi grattugiati; rimettete la padella sul fuoco e lasciate insaporire tutto insieme per qualche secondo a fiamma media. Trasferite la preparazione su un piatto da portata riscaldato e servite subito.