Togliete la testa alle acciughe, pulitele, apritele in due togliendo la lisca centrale, quindi sciacquatele in acqua corrente e doratele in poco olio per 10 minuti. Scolatele dal liquido di cottura e nello stesso tegame versate ancora un po' d'olio e lasciate imbiondire la cipolla affettata sottilmente. Aggiungete i pomodori, sale e pepe. Lasciar cuocere per circa 15 minuti quindi unite il prezzemolo e il basilico tritati, il tonno sminuzzato e proseguite la cottura per altri 10 minuti. Lessate i maccheroni in acqua salata, scolateli al dente e conditeli con il sugo al tonno. In una pirofila mettete meta della pasta condita, distribuitevi sopra le acciughe, ricoprite con la pasta rimasta ed infornate a 200 gradi per 5 minuti.